人类还没有出现的时候，妖怪早已存在这世上了，现在或许还有妖怪，只是我们不知道躲在什麽地方罢了。 — 水木茂
妖怪通常存在於人类想像与传说之中，难以运用科学方法证明其真伪。研究这方面的学问，称之为妖怪学，包含在民俗学、民族学、文化人类学、语言社会学等学科研究里，虽不属於独自发展的学问，亦是一门有系统的学说。
有关妖怪的起源，已经无从稽考。被称为妖怪之列的，大多给人的印象都是鬼异邪祟，倾向做坏事为多的一类；有些则给予人神秘莫测，不知是敌是友的感觉。有些则是被当做神一样尊敬，令人崇拜。
从古至今，随着时代的不同，有形形色色的妖怪从人类的生活之中诞生。我们人类所使用的「妖怪」这个名词，大致上包含了两种涵义，一种是属於文化社会学的范畴，妖怪被认为是一种尚未开化的文化现象，因此妖怪是不存在的，它代表着一切非理性力量的总合。另一种是从文化人类学、民俗学的角度来看待妖怪，从聚落共同体的农业时代开始，妖怪就已经存在先民们的意识里，作为天候变异、灾祸预知、社会秩序以及超自然现象的合理化解释。有些人认为妖怪是实存的，也有人认为是人们的错觉或者是幻觉所导致的误判，许多考古研究和生物研究的成果，证明了某些妖怪，其实是古代的罕见生物或科学的现象，列如鬼火被认为是不祥之兆，是鬼魂作祟的现象，但後来被证明是由於人体与动物身体含有磷，屍体腐化时产生磷化氢，当周边气温较高，磷化氢就会於空气中自燃，产生鬼火现象。但仍有许多未知的妖怪，在科学上以及历史文献上仍无法确切地判定其真伪，妖怪可说是致力於民俗学研究的学者们今後努力的方向。
日本受到中国的古代典籍《山海经》、《封神演义》、《西游记》、《聊斋志异》的深刻印象，在江户时代出版盛行的时期，陆续编撰记载着奇闻异事的图文事典，例如《和汉三才图绘》等，加上浮世绘的流行，许多知名画家纷纷投入妖怪绘卷的制作，如鸟山石燕、歌川国芳、月冈芳年、河锅晓斋、葛饰北斋等人，奠定了日本传统妖怪的造型基础。而中国碍於儒家思想的箝制，对於怪力乱神之事敬而远之，除了上述经典作品的插图本之外，对於妖怪故事的传承，大多仅以笔记小说的形式留存，除了文学上的研究之外，并未独立出来成为单一的民俗研究系统，殊为可惜，近来因奇幻小说逐渐跃升为大众文学的主流，因而中国的妖怪、鬼狐、民间传说的研究，必然也会跟着受到重视，其结果指日可待。
随着现代都市文明的发展，妖怪以都市传说的形态延续其生命力，例如厕所里的花子、裂口女、人面犬等许多新的妖怪应运而生。